Cy5diacid, SE ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาโมเลกุลและอิมเมจทางการแพทย์ โดยเฉพาะในกระบวนการติดฉลากและติดตามโมเลกุลทางชีวภาพ เช่น ดีเอ็นเอ อาร์เอ็นเอ และโปรตีน เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่อยู่ในช่วงใกล้อินฟราเรด ทำให้สามารถใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาและกระบวนการทางชีววิทยาได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยไม่รบกวนตัวอย่างทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในเทคนิคการถ่ายภาพเพื่อวินิจฉัยโรคและการวิจัยทางคลินิก ช่วยให้สามารถมองเห็นและวิเคราะห์โครงสร้างหรือการทำงานของเซลล์และเนื้อเยื่อได้อย่างชัดเจน