ไซ5.5, SE ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในงานวิจัยทางชีวการแพทย์สำหรับการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน เพปไทด์ และกรดนิวคลีอิก ความสามารถในการเรืองแสงใกล้อินฟราเรดทำให้เหมาะสำหรับการถ่ายภาพในร่างกาย (in vivo imaging) ซึ่งช่วยให้นักวิจัยติดตามกระบวนการทางชีวภาพแบบเรียลไทม์ด้วยการรบกวนพื้นหลังน้อยที่สุด

สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยมะเร็งสำหรับการตรวจจับเนื้องอกและติดตามการตอบสนองต่อการรักษา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวินิจฉัยทางโมเลกุลสำหรับการตรวจจับเป้าหมายอย่างละเอียดอ่อนในขั้นตอนทดสอบ ความเสถียรและผลผลิตควอนตัมสูงของสีย้อมนี้รับประกันการถ่ายภาพที่เชื่อถือได้และมีประสิทธิภาพทั้งในงานวิจัยก่อนคลินิกและคลินิก

นอกจากนี้ ยังใช้ในเทคนิค immunoassay และ flow cytometry เพื่อศึกษาปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลและเซลล์ รวมถึงการติดตามการกระจายตัวของยาและสารชีวโมเลกุลในร่างกาย เนื่องจากมีความเสถียรและให้สัญญาณที่ชัดเจน ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยา