Cy5.5 diacid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมเรืองแสงในงานถ่ายภาพทางชีวการแพทย์ เนื่องจากคุณสมบัติการปล่อยแสงใกล้อินฟราเรด ซึ่งช่วยให้การแทรกซึมเนื้อเยื่อลึกและการรบกวนพื้นหลังน้อยที่สุด มักใช้ในงานถ่ายภาพในร่างกาย (in vivo imaging) เพื่อติดตามกระบวนการทางชีววิทยา เช่น การกำหนดเป้าหมายเนื้องอก การถ่ายภาพหลอดเลือด และการตรวจสอบระบบการส่งยา ความเสถียรสูงและความละลายในน้ำทำให้เหมาะสำหรับการคอนจูเกตกับเปปไทด์ แอนติบอดี และนาโนอนุภาค ซึ่งช่วยเพิ่มการประยุกต์ใช้ในวิเคราะห์โมเลกุลและการวิจัยบำบัด นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในกล้องจุลทรรศน์เรืองแสงและ flow cytometry สำหรับการวิเคราะห์เซลล์และ subcellular ให้ภาพความละเอียดสูงและการวัดปริมาณตัวอย่างทางชีววิทยา