ไซแอนีน 5.5 (Cy5.5) เป็นสารสีฟลูออเรสเซนต์ที่ใช้อย่างกว้างขวางในด้านการถ่ายภาพทางการแพทย์และงานวิจัยทางชีววิทยา โดยเฉพาะในการถ่ายภาพในร่างกาย (in vivo imaging) เนื่องจากมีความยาวคลื่นการแผ่รังสีที่เหมาะสมสำหรับการเจาะลึกเนื้อเยื่อได้ดี ทำให้สามารถใช้ในการติดตามและวิเคราะห์กระบวนการทางชีววิทยาในสิ่งมีชีวิตได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ Cy5.5 ยังถูกนำมาใช้ในเทคนิคการวินิจฉัยโรค เช่น การตรวจหามะเร็ง โดยการผนวกกับโมเลกุลที่สามารถจับกับเซลล์มะเร็งเฉพาะเจาะจง ทำให้สามารถระบุตำแหน่งและขนาดของเนื้องอกได้อย่างแม่นยำ ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ Cy5.5 มักถูกใช้เป็นตัวติดแท็ก (label) สำหรับโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก หรือเซลล์ เพื่อศึกษากระบวนการทางชีวเคมีและปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุลในระบบต่างๆ ด้วยคุณสมบัติที่เสถียรและประสิทธิภาพสูง Cy5.5 จึงเป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนาวิธีการรักษาและการวินิจฉัยโรคสมัยใหม่