ไซ5 เอสอี ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวการแพทย์ โดยเฉพาะในการติดฉลากทางฟลูออเรสเซนต์สำหรับการตรวจสอบและวิเคราะห์โมเลกุลทางชีวภาพ เช่น DNA, RNA และโปรตีน เนื่องจากมีความสามารถในการปล่อยแสงในย่านใกล้อินฟราเรด ซึ่งช่วยลดสัญญาณรบกวนจากตัวอย่างทางชีวภาพได้ดี นอกจากนี้ยังใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น การถ่ายภาพเซลล์ การวิเคราะห์การไหลของเซลล์ (Flow Cytometry) และการทดสอบทางภูมิคุ้มกัน (Immunoassays) เพื่อเพิ่มความแม่นยำและประสิทธิภาพในการตรวจจับสัญญาณ