Cy5 ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาโมเลกุลและเทคโนโลยีทางการแพทย์ เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่งและเสถียรภาพสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการทดสอบทางชีวภาพ เช่น การติดตามเซลล์ การวิเคราะห์การแสดงออกของยีน และการถ่ายภาพทางชีวภาพ ในกระบวนการทางชีววิทยา Cy5 มักใช้เป็นสารเรืองแสงในการทำเครื่องหมายโมเลกุลต่างๆ เช่น DNA RNA และโปรตีน เพื่อให้สามารถตรวจจับและศึกษาได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ Cy5 ยังถูกนำมาใช้ในเทคนิคการถ่ายภาพทางการแพทย์ เช่น การถ่ายภาพด้วยแสงเรืองแสง (fluorescence imaging) เพื่อช่วยในการวินิจฉัยโรคและติดตามการตอบสนองต่อการรักษา ด้วยความสามารถในการให้สัญญาณที่ชัดเจนและแม่นยำ Cy5 จึงเป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยและการพัฒนาทางวิทยาศาสตร์และทางการแพทย์