Cy3diacid, SE ถูกใช้อย่างแพร่หลายในด้านการวิจัยชีวการแพทย์และการวินิจฉัยเนื่องจากคุณสมบัติเรืองแสงของมัน มันมักถูกใช้เป็นสารติดฉลากสำหรับสารชีวโมเลกุล เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก (DNA, RNA) และแอนติบอดี ซึ่งช่วยให้สามารถมองเห็นและติดตามโมเลกุลเหล่านี้ในสถานการณ์ทดลองต่างๆ รวมถึงกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง การไหลของเซลล์วัด (flow cytometry) และอิมมูโนแอสเซย์ ความเสถียรสูงและการเรืองแสงที่สว่างทำให้มันมีประโยชน์อย่างยิ่งในการถ่ายภาพเซลล์มีชีวิต ซึ่งช่วยให้นักวิจัยศึกษากระบวนการเซลล์แบบเรียลไทม์ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนาชุดตรวจวินิจฉัยสำหรับตรวจจับตัวบ่งชี้ชีวภาพเฉพาะในตัวอย่างทางคลินิก ช่วยในการวินิจฉัยโรค ความละลายในน้ำและความง่ายในการคอนจูเกตเพิ่มประสิทธิภาพในการใช้งานที่หลากหลายในงานชีววิทยาและการแพทย์