Cy3diacid ใช้อย่างแพร่หลายในด้านการวิจัยทางชีวการแพทย์และการวินิจฉัย โดยหลักแล้วเป็นสารตัวทำปฏิกิริยาติดฉลากฟลูออเรสเซนต์ คุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่งทำให้เหมาะสำหรับการติดแท็กโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก และแอนติบอดี ซึ่งช่วยให้สามารถมองเห็นและติดตามในงานทดลองต่างๆ มักใช้ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ การไหลของเซลล์ (flow cytometry) และการศึกษาอิมมูโนฟลูออเรสเซนต์ เพื่อศึกษากระบวนการของเซลล์ การโต้ตอบทางโมเลกุล และกลไกของโรค นอกจากนี้ Cy3diacid ยังใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์ชีวภาพและชุดตรวจวินิจฉัย โดยความเสถียรและความไวช่วยเพิ่มการตรวจจับสารเป้าหมายในตัวอย่างชีวภาพที่ซับซ้อน ความละลายน้ำของมันยังอำนวยความสะดวกในการใช้งานในสภาพแวดล้อมน้ำ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายทั้งในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางคลินิก