Cy3.5 diacid, SE ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการติดฉลากฟลูออเรสเซนต์และการถ่ายภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยทางชีววิทยาและชีวการแพทย์ กลุ่ม reactive succinimidyl ester (SE) ที่มีปฏิกิริยาสูงช่วยให้เกิดการคอนจูเกตกับ primary amines ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากโปรตีน แอนติบอดี เปปไทด์ และชีวโมเลกุลอื่นๆ สี Cy3.5 ส่งแสงในช่วง far-red ซึ่งช่วยลด background autofluorescence และเพิ่มความชัดเจนของสัญญาณในตัวอย่างชีวภาพที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปใน fluorescence microscopy, flow cytometry และ in vivo imaging นอกจากนี้ ความเสถียรและความสว่างทำให้เป็นตัวเลือกที่เหมาะสำหรับ multiplexing experiments ที่ใช้หลาย fluorescent dyes พร้อมกันเพื่อติดตามเป้าหมายที่แตกต่างกัน