Cy3 ethylenediamine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวการแพทย์ โดยเฉพาะในกระบวนการติดฉลากและติดตามโมเลกุลทางชีวภาพ เช่น DNA, RNA และโปรตีน เนื่องจากมีความไวสูงและให้สัญญาณเรืองแสงที่ชัดเจนเมื่อถูกกระตุ้นด้วยแสงที่เหมาะสม มักใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น การถ่ายภาพเซลล์ (cellular imaging), การวิเคราะห์ด้วยโฟลว์ไซโตเมทรี (flow cytometry) และการทดสอบทางอิมมูโนวิทยา (immunoassays) นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุลและการติดตามกระบวนการทางชีวภาพในเซลล์แบบเรียลไทม์ ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์และการพัฒนายา