Cy5 เป็นสารสีฟลูออเรสเซนต์ที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวการแพทย์ เนื่องจากมีความสามารถในการเปล่งแสงในย่านใกล้อินฟราเรด ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในเทคนิคต่างๆ เช่น การถ่ายภาพเซลล์และเนื้อเยื่อ การติดตามโมเลกุลในร่างกาย และการวิเคราะห์ทางชีวเคมี หนึ่งในการใช้งานหลักของ Cy5 คือในเทคนิค fluorescence microscopy ซึ่งช่วยให้นักวิจัยสามารถศึกษาตำแหน่งและการเคลื่อนที่ของโมเลกุลภายในเซลล์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ใน flow cytometry เพื่อวิเคราะห์และแยกเซลล์ตามลักษณะเฉพาะทางชีวภาพ ในด้านการแพทย์ Cy5 มักใช้ในการพัฒนาชุดตรวจวินิจฉัยโรค เช่น การตรวจหาโปรตีนหรือ DNA ที่เกี่ยวข้องกับโรคต่างๆ รวมถึงการวิจัยเกี่ยวกับการรักษาโรคโดยใช้เทคนิค targeted therapy ที่สามารถส่งยาไปยังเซลล์เป้าหมายได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ Cy5 ยังใช้ในงานวิจัยด้านนาโนเทคโนโลยี โดยการผนวกกับอนุภาคนาโนเพื่อศึกษาการกระจายตัวและการทำงานของอนุภาคเหล่านี้ในระบบชีวภาพ ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนาวัสดุและเทคโนโลยีใหม่ๆ ในวงการวิทยาศาสตร์และแพทย์