Super Fluor 680, SE ถูกใช้อย่างแพร่หลายในด้านการติดฉลากและการถ่ายภาพด้วยฟลูออเรสเซนส์ โดยเฉพาะในงานวิจัยทางชีวภาพและการแพทย์ ความเข้มของฟลูออเรสเซนส์สูงและความเสถียรทำให้เป็นตัวเลือกที่ยอดเยี่ยมสำหรับการติดฉลากโปรตีน แอนติบอดี และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ สารเคมีนี้มักใช้ใน flow cytometry, immunofluorescence assays และ confocal microscopy เพื่อแสดงภาพและติดตามส่วนประกอบและกระบวนการของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในแอปพลิเคชันการวินิจฉัย เช่น การตรวจจับแอนติเจนเฉพาะหรือพาธาเจนในตัวอย่างทางคลินิก ความเข้ากันได้กับเทคนิคการคอนจูเกชันต่างๆ ช่วยให้การติดฉลากมีประสิทธิภาพและแม่นยำ เพิ่มความถูกต้องของผลการทดลอง