Super Fluor 647 ถูกใช้อย่างแพร่หลายในเทคนิคจุลทรรศน์เรืองแสงและการถ่ายภาพขั้นสูง เนื่องจากความสว่างและความเสถียรต่อแสงที่ยอดเยี่ยม สีนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในจุลทรรศน์ความละเอียดสูง เช่น STORM และ PALM ซึ่งฟลูออโรไฟร์ประสิทธิภาพสูงจำเป็นสำหรับการได้ภาพโครงสร้างเซลล์ที่แม่นยำและความละเอียดสูง สีนี้ยังถูกนำมาใช้ในงานถ่ายภาพหลายเป้าหมายพร้อมกัน (multiplexed imaging) ซึ่งช่วยให้นักวิจัยสามารถมองเห็นเป้าหมายหลายตัวในตัวอย่างเดียวโดยการจับคู่อกับฟลูออโรไฟร์อื่นๆ ในช่วงสเปกตรัมที่แตกต่างกัน นอกจากนี้ Super Fluor 647 ยังถูกใช้ใน flow cytometry และ immunofluorescence assays ซึ่งสัญญาณที่แรงช่วยเสริมการตรวจจับและวิเคราะห์ biomarkers หรือส่วนประกอบเซลล์เฉพาะ ความเข้ากันได้กับเคมีคอนจูเกชันหลากหลายทำให้เป็นเครื่องมือที่อเนกประสงค์สำหรับการติดฉลากแอนติบอดี โปรตีน และกรดนิวคลีอิก สนับสนุนการประยุกต์ใช้การวิจัยทางชีววิทยาและชีวการแพทย์ที่กว้างขวาง