Sulfo-Cy3 diacid, SE ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยชีวการแพทย์สำหรับการติดฉลากสารชีวโมเลกุล เช่น โปรตีน, เพปไทด์, และกรดนิวคลีอิก คุณสมบัติละลายน้ำได้และกลุ่มเอสเตอร์ซัคซินิมิดิลที่ทำปฏิกิริยา ทำให้เหมาะสำหรับการคอนจูเกตกับอะมีนปฐมภูมิ ส่งเสริมการศึกษาการโต้ตอบของโมเลกุลและกระบวนการเซลล์ผ่านการถ่ายภาพด้วยฟลูออเรสเซนส์ มีคุณค่าอย่างยิ่งใน flow cytometry, confocal microscopy, และ live-cell imaging เนื่องจากฟลูออเรสเซนส์ที่สว่างและความคงทนต่อแสง นอกจากนี้ ยังใช้ใน diagnostic assays และ drug discovery เพื่อติดตามและแสดงภาพโมเลกุลเป้าหมายด้วยความไวและความจำเพาะสูง