Sulfo-Cy3 ethylenediamine ถูกใช้อย่างแพร่หลายในสาขาการถ่ายภาพทางชีวภาพและการวินิจฉัย เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่ง มักใช้เป็นสารติดฉลากสำหรับชีวโมเลกุล เช่น โปรตีน แอนติบอดี และกรดนิวคลีอิก ทำให้ผู้วิจัยสามารถติดตามและมองเห็นโมเลกุลเหล่านี้ในระบบชีวภาพที่ซับซ้อน ความละลายในน้ำที่อำนวยโดยกลุ่มซัลโฟเนตทำให้เหมาะสมเป็นพิเศษสำหรับการใช้งานในสภาพแวดล้อมน้ำ เช่น การถ่ายภาพเซลล์มีชีวิตและ flow cytometry นอกจากนี้ ยังใช้ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนส์เพื่อศึกษากระบวนการและปฏิสัมพันธ์ของเซลล์ด้วยความจำเพาะและความไวสูง สารนี้ยังถูกนำไปใช้ในงานค้นคว้ายาและพัฒนายาเพื่อคัดกรองและระบุเป้าหมายบำบัดที่เป็นไปได้ ความเสถียรและการปล่อยแสงสว่างในช่วงที่มองเห็นได้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าต่างๆ ในงานวิจัยชีวการแพทย์