ไซอะนีน 5.5 เอมีนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านการวิจัยทางชีววิทยาและทางการแพทย์ เนื่องจากมีความสามารถในการเรืองแสงในบริเวณใกล้อินฟราเรด (near-infrared) ซึ่งช่วยให้สามารถตรวจจับและติดตามโมเลกุลหรือเซลล์ในเนื้อเยื่อที่มีความลึกได้ดี โดยไม่เกิดการรบกวนจากพื้นหลังเรืองแสงของเนื้อเยื่อ มักใช้ในการสร้างสารติดฉลากเรืองแสงสำหรับการถ่ายภาพด้วยแสง (optical imaging) การศึกษาเซลล์และการไหลเวียนของเลือด รวมถึงการวินิจฉัยโรค เช่น มะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเทคนิคการทดสอบทางชีวเคมี เช่น การวิเคราะห์การจับกันของโปรตีนและดีเอ็นเอ เนื่องจากมีความไวและความแม่นยำสูง