ไซยาไนน์3 เอมีนถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการติดฉลากเรืองแสงสำหรับงานวิจัยทางชีววิทยาและการวินิจฉัยโรค โดยเฉพาะในการติดฉลากโปรตีน กรดนิวคลีอิก และชีวโมเลกุลอื่นๆ สำหรับการถ่ายภาพและการตรวจจับ คุณสมบัติเรืองแสงสีส้มแดงที่สว่างสดใสทำให้เหมาะสำหรับใช้ในกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง, flow cytometry และการถ่ายภาพในร่างกาย นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในการพัฒนาโพรบและแอสเซย์เรืองแสง ช่วยให้นักวิจัยสามารถศึกษาการโต้ตอบของโมเลกุล กระบวนการของเซลล์ และกลไกของโรคด้วยความไวและความจำเพาะสูง หมู่เอมีนหลักของมันช่วยให้สามารถคอนจูเกตกับโมเลกุลเป้าหมายที่มีหมู่คาร์บอกซิลหรืออัลดีไฮด์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการประยุกต์ทางชีเคมีและชีวการแพทย์