ใช้ Sulfo-Cyanine5.5 azide กันอย่างแพร่หลายในงาน bioimaging และ fluorescence labeling สารประกอบนี้ช่วยให้การตรวจจับที่ไวต่อความไวสูงในเซลล์ที่มีชีวิตและเซลล์ที่ยึดติด เนื่องจากการปล่อยแสงใกล้อินฟราเรด (near-infrared emission) ซึ่งลด autofluorescence พื้นหลังและเพิ่มความลึกในการทะลุเนื้อเยื่อ หมู่อะไซด์ของมันช่วยให้การคอนจูเกตด้วย click chemistry กับ alkynes ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก และ glycans ในระบบชีวภาพที่ซับซ้อน

ใช้บ่อยใน flow cytometry, confocal microscopy และ in vivo imaging สนับสนุนการวิจัยในด้านชีววิทยามะเร็ง (cancer biology) ภูมิคุ้มกันวิทยา (immunology) และการส่งยา (drug delivery) นอกจากนี้ หมู่ sulfonate ยังช่วยเพิ่มความละลายในน้ำและลดการจับแบบไม่จำเพาะ (nonspecific binding) ทำให้ปรับปรุงอัตราส่วนสัญญาณต่อเสียงรบกวน (signal-to-noise ratio) ใน assays

สารนี้มีหมู่อะไซด์ (-N₃) ที่สามารถทำปฏิกิริยากับหมู่อัลไคน์ผ่านปฏิกิริยาคลิกเคมี (click chemistry) เช่น CuAAC หรือ SPAAC ทำให้สามารถติดฉลากสารชีวโมเลกุลได้อย่างเฉพาะเจาะจงและมีประสิทธิภาพ โดยไม่ต้องใช้โปรตีนเรืองแสง เช่น GFP

นอกจากนี้ ยังเหมาะสำหรับการติดตามการกระจายตัวของยา การศึกษาการจับตัวของลิแกนด์กับรีเซพเตอร์ และการตรวจวินิจฉัยเชิงภาพในงานพัฒนายาและงานแพทย์เฉพาะทาง