Sulfo-Cyanine5 amine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการไบโอคอนจูเกชันเพื่อติดฉลากชีวโมเลกุล เช่น แอนติบอดี เปปไทด์ และกรดนิวคลีอิก ความละลายในน้ำสูงทำให้เหมาะสมสำหรับการใช้งานทางชีววิทยาในสภาพแวดล้อมน้ำ ลดความจำเป็นในการใช้ตัวทำละลายอินทรีย์ รูปแบบที่ทำปฏิกิริยากับอะมีนช่วยให้สามารถคู่กับกลุ่มคาร์บอกซิลผ่านเคมี EDC หรือกับเอสเตอร์ที่ถูกกระตุ้นอื่นๆ ทำให้เกิดการเชื่อมโยงที่เสถียรในการสังเคราะห์โพรบ

มักใช้ในเทคนิคการถ่ายภาพที่ใช้ฟลูออเรสเซนส์ เช่น กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนส์และการไหลของเซลล์ (flow cytometry) เนื่องจากมีค่าความดูดกลืนและการปล่อยแสงที่แข็งแกร่งในช่วง far-red (~650 nm การกระตุ้น, ~670 nm การปล่อย) ซึ่งช่วยลดการรบกวนจาก autofluorescence ในตัวอย่างชีวภาพ กลุ่มซัลโฟช่วยเพิ่มความไม่สามารถทะลุผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากเป้าหมายนอกเซลล์หรือตัวรับบนพื้นผิวเซลล์

นอกจากนี้ Sulfo-Cyanine5 amine ยังใช้ในการพัฒนาการทดสอบวินิจฉัยและโพรบการถ่ายภาพใน vivo ซึ่งต้องการการจับเฉพาะที่ไม่เฉพาะเจาะจงต่ำและอัตราส่วนสัญญาณต่อเสียงรบกวนสูง ยังนำไปใช้ในงาน multiplex assays เมื่อรวมกับฟลูออโรไฟร์อื่นๆ เนื่องจากมี spectral overlap น้อยกับสีย้อมสีเขียวและเหลือง