ใช้ Sulfo-Cy3 DBCO ในการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพโดยเฉพาะโปรตีนและแอนติบอดีในระบบชีวภาพ เนื่องจากมีหมู่ DBCO ที่สามารถทำปฏิกิริยากับโมเลกุลที่มีหมู่ azide ได้โดยไม่ต้องใช้ทองแดงเป็นตัวเร่ง ทำให้เหมาะสำหรับการติดฉลากในเซลล์มีชีวิตโดยไม่เกิดพิษ

หมู่ Sulfo-Cy3 เป็นฟลูออเรสเซนต์สีแดงที่มีความเข้มของแสงสูงและเสถียรภาพดี จึงนิยมใช้ในงานไมโครสโคปีฟลูออเรสเซนซ์ เช่น การติดตามการกระจายตัวของโปรตีนในเซลล์ การศึกษาการโต้ตอบระหว่างโมเลกุลชีวภาพ และการตรวจจับด้วยเทคนิคฟลูวอเรสเซนซ์ในระบบไหล (flow cytometry)

นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีวโมเลกุลที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงสูง เช่น การติดฉลากแอนติบอดีสำหรับการถ่ายภาพในเนื้อเยื่อ (tissue imaging) หรือการติดตามเซลล์ในสัตว์ทดลอง เนื่องจากหมู่ sulfo ช่วยเพิ่มความละลายในน้ำ ลดการจับแบบไม่เฉพาะเจาะจง ทำให้มีพื้นหลังต่ำ