สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้เป็นหลักในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่มีกลุ่ม 1,3,2-ไดออกซาโบโรลาน ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีคุณค่าในการทำปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม Suzuki-Miyaura ซึ่งถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน การมีโมเลกุลไพเพอราซีนยังบ่งชี้ถึงการประยุกต์ใช้ที่เป็นไปได้ในการออกแบบสารชีวภาพ เนื่องจากอนุพันธ์ไพเพอราซีนมักถูกนำรวมเข้าไปในยาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านไซโคติกและยาต้านซึมเศร้า นอกจากนี้ กลุ่มคลอโรและเมทิลบนวงแหวนอะโรมาติกอาจมีส่วนช่วยในการตอบสนองและความเลือกสรรของสารประกอบในกระบวนการทางเคมีต่างๆ ทำให้เป็นหน่วยย่อยก่อสร้างที่หลากหลายในการเคมียาและการค้นพบยา