[6-Methoxy-5-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา coupling reactions เช่น Suzuki-Miyaura coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอะริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มักถูกนำไปใช้ในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางยา (pharmaceuticals) และสารเคมีทางการเกษตร (agrochemicals) เนื่องจากโครงสร้างที่มีหมู่เมทอกซีและไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความหลากหลายและประสิทธิภาพในการออกแบบโมเลกุลเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ ๆ ในสาขาเคมีวัสดุ (materials chemistry) อีกด้วย