(5-Amino-6-chloropyridin-3-yl)boronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ หมู่บอโรนิกแอซิดของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ ซึ่งเป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในด้านการค้นพบยาและเคมียา นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับสร้างลิแกนด์และตัวเร่งปฏิกิริยาที่ใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันยังช่วยให้สามารถนำไปใช้ในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวแทนบำบัดอื่นๆ ที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง