(5,6-Difluoropyridin-3-yl)boronic acid เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มีโครงสร้างซับซ้อน ซึ่งพบการใช้งานในอุตสาหกรรมยาเพื่อการพัฒนายาใหม่ ๆ นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการผลิตวัสดุอิเล็กทรอนิกส์และสารเคมีเฉพาะทางอื่น ๆ ที่ต้องการความแม่นยำสูงในการออกแบบโมเลกุล