สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยาและโมเลกุลชีวภาพ มันทำหน้าที่เป็นสารตัวกลางสำคัญในการพัฒนาอนุพันธ์ piperazine ซึ่งจำเป็นในโมเลกุลยาหลายชนิดเนื่องจากคุณสมบัติทางเภสัชวิทยาที่หลากหลาย กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ให้การป้องกันไนโตรเจนของ piperazine ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกเฉพาะ ส่วนของ trifluoroborate ช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยา ทำให้เหมาะสำหรับปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง เช่น Suzuki-Miyaura coupling ซึ่งสำคัญในการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญอย่างยิ่งในการสังเคราะห์สารประกอบที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท มะเร็ง และโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาวัสดุขั้นสูงและลิกานด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยา เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างและอิเล็กทรอนิกส์ที่เป็นเอกลักษณ์