(2-Fluoro-6-methoxypyridin-3-yl)boronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน สนับสนุนการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อน รวมถึงยาที่เป็นผู้สมัครและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ กลุ่มโบรอนิกแอซิดในสารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหลัก ช่วยในการจับคู่กับอาไรล์หรือวินิลฮาไลด์ ใน presence ของตัวเร่งปฏิกิริยา palladium หมู่แทนที่ฟลูออรีนและเมทอกซีสามารถมีอิทธิพลต่อ reactivity และ selectivity ของปฏิกิริยา ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโครงสร้างโมเลกุลเฉพาะ นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร วิทยาศาสตร์วัสดุ และอุตสาหกรรมเคมีละเอียดอื่นๆ ที่การออกแบบโมเลกุลอย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ