(2-(2,2,2-ไตรฟลูออโรเอทอกซี)ฟีนิล)บอโรนิกแอซิด ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) ปฏิกิริยานี้ถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาตัวสมัคร (drug candidates) กลุ่มบอโรนิกแอซิดของสารนี้ทำหน้าที่เป็นกลุ่มฟังก์ชันหลักที่อำนวยความสะดวกในการคัปปลิงกับอริลหรือวินิลฮาไลด์ ใน presence ของตัวเร่งปฏิกิริยาแพลเลเดียม ส่วนโมเลกุลไตรฟลูออโรเอทอกซีสามารถเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยาของโมเลกุล ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังอาจนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับพัฒนาโพลิเมอร์ขั้นสูงหรือพื้นผิวที่ถูกฟังก์ชันนุไลซ์