โปรตามีนซัลเฟตจากอสุจิปลาแซลมอนถูกใช้เป็นยาต้านฤทธิ์เฮพาริน โดยจะจับกับเฮพารินในกระแสเลือดซึ่งเป็นสารต้านการแข็งตัวของเลือด ทำให้เฮพารินสูญเสียฤทธิ์ จึงใช้ในกรณีที่ผู้ป่วยได้รับเฮพารินเกินขนาด หรือต้องการยับยั้งผลของเฮพารินอย่างรวดเร็ว เช่น ระหว่างการผ่าตัดหัวใจ การฟอกเลือดด้วยเครื่องไตเทียม หรือการถ่ายเลือด

นอกจากนี้ โปรตามีนซัลเฟตยังใช้ในกระบวนการผลิตยาอินซูลินแบบออกฤทธิ์ช้า โดยช่วยชะลอการดูดซึมอินซูลินเข้าสู่กระแสเลือด ทำให้อินซูลินออกฤทธิ์ได้นานขึ้น

ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล โปรตามีนซัลเฟตมีการนำมาใช้ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการส่งสารพันธุกรรมเข้าสู่เซลล์ เช่น การถ่ายยีนหรือการทดลองในห้องปฏิบัติการที่ต้องการให้เซลล์รับดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอได้ดีขึ้น เนื่องจากความสามารถในการรวมตัวกับดีเอ็นเอเพื่อใช้ในเวกเตอร์แบบไม่ใช้ไวรัสสำหรับการบำบัดยีน