Argatroban monohydrate ใช้หลักในการเป็นสารกันเลือดแข็ง (anticoagulant) ในสถานพยาบาล โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการป้องกันการเกิดลิ่มเลือดในผู้ป่วยที่มีภาวะเกล็ดเลือดลดลงจากฮีพาริน (heparin-induced thrombocytopenia: HIT) ซึ่งเป็นภาวะที่ฮีพารินยาอีกชนิดหนึ่งทำให้จำนวนเกล็ดเลือดลดลงอย่างอันตราย ยานี้ทำงานโดยยับยั้งธรมบิน (thrombin) โดยตรง ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญในกระบวนการจับตัวของเลือด

ในการปฏิบัติทางคลินิก จะให้ทางหลอดเลือดดำ (intravenously) แก่ผู้ป่วยที่เข้ารับการผ่าตัด เช่น การทำขยายหลอดเลือด (angioplasty) หรือผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงต่อการเกิดลิ่มเลือดขณะผ่าตัด นอกจากนี้ยังใช้ในหน่วยดูแลผู้ป่วยวิกฤต (intensive care units) สำหรับผู้ป่วยที่ต้องการการกันเลือดแข็งอย่างต่อเนื่องแต่ไม่สามารถใช้ฮีพารินได้ ยังใช้ในการจัดการกลุ่มอาการหลอดเลือดหัวใจเฉียบพลัน (acute coronary syndromes) และภาวะลิ่มเลือดดำลึก (deep vein thrombosis) เมื่อยาต้านการแข็งตัวของเลือดอื่นไม่เหมาะสม

ยานี้ต้องได้รับการตรวจสอบอย่างใกล้ชิดเพื่อให้แน่ใจถึงขนาดยาที่ถูกต้อง เนื่องจากการใช้ที่ไม่ถูกต้องอาจนำไปสู่ภาวะแทรกซ้อนจากการเลือดออก การออกฤทธิ์รวดเร็วและครึ่งชีวิตสั้นทำให้เป็นตัวเลือกที่ยืดหยุ่นในการควบคุมการจับตัวของเลือดในสถานการณ์ดูแลวิกฤต นอกจากนี้ยังใช้ในผู้ป่วยที่ต้องฟอกเลือด (hemodialysis) เพื่อป้องกันการแข็งตัวของเลือดในเครื่องฟอกเลือด