Bivalirudin Trifluoroacetate ใช้เป็นสารป้องกันการแข็งตัวของเลือดในระหว่างการผ่าตัดหัวใจหรือการทำหัตถการที่เกี่ยวข้องกับหลอดเลือด เช่น การทำบอลลูนหรือการใส่ขดลวดขยายหลอดเลือด (PCI) มักใช้แทน heparin ในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงต่อการเกิด heparin-induced thrombocytopenia (HIT) หรือผู้ที่ไม่สามารถใช้ heparin ได้ เนื่องจากมีประสิทธิภาพในการยับยั้ง thrombin โดยตรงและมีระยะเวลาออกฤทธิ์สั้น ทำให้ควบคุมการแข็งตัวของเลือดได้ดีและลดความเสี่ยงของการเกิดเลือดออกหลังการผ่าตัด นอกจากนี้ยังใช้ในผู้ป่วยที่มีภาวะกล้ามเนื้อหัวใจตายเฉียบพลัน (acute coronary syndrome) เพื่อป้องกันการเกิดลิ่มเลือดอุดตันในหลอดเลือดหัวใจ