ใช้ในงานสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตสารที่มีโครงสร้างเบนซิลลิค หรือสารตั้งต้นสำหรับการสร้างยาและสารชีวภาพอื่น ๆ เนื่องจากมีหมู่บริโภคที่สามารถทำปฏิกิริยาต่อได้ เช่น หมู่โบรมีนที่ทำหน้าที่เป็นหมู่นำทางในการทำปฏิกิริยาแทนที่ของนิวคลีโอไฟล์ หรือใช้ในปฏิกิริยาคอปเปอร์คอปเปอร์เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน นอกจากนี้ยังสามารถใช้เป็นตัวกลางในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทหรือสารต้านอนุมูลอิสระ เนื่องจากโครงสร้างที่มีเมทิลีนไดออกซีมีศักยภาพในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ