ซินโคนิดีนซัลเฟตไดไฮเดรตใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารช่วยแยกเอนานติโอเมอร์ (chiral resolving agent) โดยมีบทบาทสำคัญในการแยกเอนานติโอเมอร์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่เป็นสารออกฤทธิ์ทางแสง (optically active compounds) สารเคมีนี้ยังถูกใช้ในกระบวนการเร่งปฏิกิริยาแบบไม่สมมาตร (asymmetric catalysis) เพื่อช่วยในการผลิตสเตอริโอไอโซเมอร์เฉพาะที่จำเป็นสำหรับการพัฒนายาบางชนิด นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาสเตอริโอเคมีและพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ความสามารถในการเหนี่ยวนำไคราลทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่มีความบริสุทธิ์เอนานติโอเมอร์สูง ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญต่อประสิทธิภาพและความปลอดภัยของเภสัชภัณฑ์จำนวนมาก