ซินโคนิดีนไดไฮโดรคลอไรด์ถูกใช้หลักๆ ในสาขาเคมีอินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาคีรอล (chiral catalyst) หรือสารช่วยแยกแบบ (resolving agent) การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก (asymmetric synthesis) ซึ่งช่วยในการผลิตสารประกอบที่มีความบริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์ (enantiomerically pure compounds) สิ่งนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (active pharmaceutical ingredients: APIs) ที่ต้องการความบริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์สูงเพื่อให้มั่นใจในประสิทธิภาพและความปลอดภัย

นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการแยกส่วนผสมเรซิเมต (resolution of racemic mixtures) เพื่อช่วยในการแยกเอ็นแอนติโอเมอร์ ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการพัฒนายาเฉพาะและสารเคมีละเอียด (fine chemicals) บทบาทในการเป็นตัวเร่งปฏิกิริยังขยายไปยังปฏิกิริยาอินทรีย์ต่างๆ รวมถึงกระบวนการไฮโดรเจนเนชัน (hydrogenation) และไซคลิเซชัน (cyclization) ซึ่งช่วยเพิ่มความเลือกสรร (selectivity) และผลผลิตของผลิตภัณฑ์ที่ต้องการ

นอกจากนี้ ซินโคนิดีนไดไฮโดรคลอไรด์ยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยและพัฒนาเพื่อศึกษาสเตอรีโอเคมี (stereochemistry) และกลไกปฏิกิริยา ความสามารถในการเหนี่ยวนำคีรอไลติ (induce chirality) ในเส้นทางสังเคราะห์ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อนักเคมีที่ทำงานกับโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน