6-Chloro-7-methylchromone ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยาหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาอนุพันธ์โครโมน ซึ่งถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ รวมถึงฤทธิ์ต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ และต้านมะเร็ง นักวิจัยใช้มันในการออกแบบและสังเคราะห์โมเลกุลใหม่สำหรับการค้นพบยา โดยเฉพาะในสาขาเคมีทางการแพทย์ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของสารประกอบชีวภาพ