กรดเฮปตาฟลูออโรบิวทีริกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารจับคู่อิออนในโครมาโตกราฟีของเหลว โดยเฉพาะสำหรับการแยกและวิเคราะห์เปปไทด์ โปรตีน และชีวโมเลกุลอื่นๆ คุณสมบัติการจับคู่อิออนที่แข็งแกร่งช่วยเพิ่มการกักเก็บและความละเอียดของสารประกอบขั้วในโครมาโตกราฟีเฟสย้อนกลับ นอกจากนี้ ยังใช้ในสเปกโตรเมตรีมวลสารเป็นกรดระเหยเพื่อปรับปรุงความไวในการตรวจจับสารวิเคราะห์ ในอุตสาหกรรมสังเคราะห์อินทรีย์ ทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือสารเคมีในปฏิกิริยาต่างๆ รวมถึงเอสเทอร์ริฟิเคชันและอะซิเลชัน คุณสมบัติพิเศษยังทำให้มีประโยชน์ในการเตรียมสารประกอบฟลูออรีนและเป็นตัวทำละลายในกระบวนการเคมีเฉพาะทาง