พentafluoropropionic acid anhydride ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสาร derivatizing ในเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในก๊าซโครมาโทกราฟีและสเปกโตรเมตรีมวลสาร (GC-MS) มันทำปฏิกิริยากับสารประกอบต่างๆ เช่น แอลกอฮอล์ อะมีน และฟีนอล เพื่อสร้างอนุพันธ์ที่ระเหยได้ ซึ่งช่วยเพิ่มความไวในการตรวจจับและประสิทธิภาพการแยก ทำให้มีคุณค่าต่อการวิเคราะห์ปริมาณสารติดตามในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ยา และชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษและสารประกอบฟลูออรีน โดย reactivity และโครงสร้างฟลูออรีนของมันมีส่วนช่วยสร้างคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ในผลิตภัณฑ์สุดท้าย การใช้ในงาน proteomics และ metabolomics ยังช่วยในการระบุและวัดปริมาณ biomolecules