เบนซิล คลอโรฟอร์เมต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการป้องกันกลุ่มอะมีน โดยทำปฏิกิริยากับกลุ่มอะมิโนเพื่อก่อตัวเป็นอนุพันธ์คาร์บาเมต ซึ่งมีเสถียรภาพภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ ทำให้สามารถควบคุมกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ ในโมเลกุลได้อย่างเลือกสรร คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยป้องกันกรดอะมิโนระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร ซึ่งการควบคุมปฏิกิริยาเคมีอย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันช่วยรักษาความสมบูรณ์ของโมเลกุลที่อ่อนไหวตลอดกระบวนการสังเคราะห์ที่ซับซ้อน