Allyl chloroformate ใช้หลักเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชัน เช่น อะมีนและแอลกอฮอล์ (หมู่ -NH2 และ -OH) มันทำปฏิกิริยาได้อย่างรวดเร็วเพื่อสร้างอนุพันธ์ allyl carbamate (alloc) และ allyl carbonate ซึ่งเป็นกลุ่มป้องกันที่มีประโยชน์ในการสังเคราะห์เปปไทด์และนิวคลีโอไทด์ เนื่องจากมีความเสถียรภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ และสามารถกำจัดได้อย่างเลือกสรรผ่านกระบวนการ deprotection ที่ใช้ palladium เป็นตัวเร่ง โดยทั่วไปใช้ร่วมกับเบสอ่อนในตัวทำละลายอินทรีย์ เช่น เอเทอร์หรือไดคลอโรมีเทน

นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบ heterocyclic และสารกลางทางเภสัชกรรม (pharmaceutical intermediates) ความสามารถในการนำกลุ่ม allyloxy carbonyl เข้ามาทำให้มีคุณค่าสูงในการพัฒนาโมเลกุลซับซ้อนในเคมียารักษา (medicinal chemistry) นอกจากนี้ ยังเป็นวัตถุดิบพื้นฐานในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร (agrochemicals) และโพลิเมอร์พิเศษ (specialty polymers)

เนื่องจากมีความตอบสนองสูง ลักษณะ lachrymatory และมีพิษ จึงต้องจัดการด้วยความระมัดระวังในสภาพแวดล้อมที่ควบคุม โดยทั่วไปภายใต้บรรยากาศเฉื่อย (inert atmosphere) และมาตรการความปลอดภัยที่เหมาะสม