N-Benzylcinchoninium Chloride ใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาแบบ chiral phase-transfer catalyst ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชกรรมและอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่ต้องการควบคุม stereochemistry ให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่มีความเข้ากันได้ทางแสง (optical purity) สูง ตัวอย่างการใช้งาน ได้แก่ การสังเคราะห์สาร intermediate สำหรับยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส และยาอื่นๆ ที่ต้องการความแม่นยำในการกำหนดโครงสร้างสามมิติ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตสารเคมีที่มีความซับซ้อนทางโครงสร้างซึ่งจำเป็นต้องมีการควบคุม enantioselectivity ให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่ต้องการอย่างเฉพาะเจาะจง