N-Benzyl-(3S)-hydroxysuccinimide ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะบล็อกการก่อสร้างแบบคิรัลสำหรับเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบที่บริสุทธิ์แบบเอ็นแอนติโอเมอร์ ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมเภสัชกรรมที่ใช้งานได้หลากหลาย (APIs) โดยเฉพาะสารที่ต้องการการควบคุมสเตอรีโอเคมี สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับกรดคาร์บอกซิลิก เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะในโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาโมเลกุลที่ใช้งานทางชีวภาพ รวมถึงตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ เนื่องจากความสามารถในการนำเสนอสเตอรีโอเคมีเฉพาะและกลุ่มฟังก์ชัน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ โดยใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์แบบคิรัลและวัสดุฟังก์ชันขั้นสูง