(S)-3-Isopropylmorpholine ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นบล็อกก่อสร้างแบบ chiral สำหรับการสังเคราะห์ส่วนผสมเภสัชกรรมที่ใช้งานได้หลากหลาย (APIs) ความ stereochemistry ของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer ซึ่งสำคัญสำหรับยาที่ต้องการความจำเพาะและประสิทธิภาพสูง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมโมเลกุลซับซ้อนสำหรับเคมียารักษา โครงสร้างแหวน morpholine มักถูกนำเข้าไปในสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง โรคหัวใจและหลอดเลือด และสาขาการรักษาอื่นๆ นอกจากนี้ ยังพบการใช้งานในการวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่