(S)-3-Ethylmorpholine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการผลิตยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านไวรัสหรือยารักษาโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการเป็นตัวทำละลายหรือตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการทางเคมีต่าง ๆ เนื่องจากมีคุณสมบัติที่เหมาะสมในการควบคุมสเตอริโอเคมีของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้ได้สารที่มีประสิทธิภาพและความบริสุทธิ์สูง