(S)-2-Isopropylmorpholine ใช้หลักในฐานะ chiral building block ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ สเตอรีโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารบริสุทธิ์แบบ enantiomer ซึ่งสำคัญสำหรับยาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง มักใช้ในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ที่การจัดเรียงเชิงช่องว่างของอะตอมมีผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญต่อประสิทธิภาพและความปลอดภัย นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นลิแกนด์หรือตัวเร่งปฏิกิริยาในสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก เพื่อเพิ่มความเลือกและผลผลิตของปฏิกิริยาเคมี การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่สารเคมีเกษตร ที่ช่วยในการผลิตสารประกอบที่มีกิจกรรมดีขึ้นและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมลดลง