(S)-1-Benzyl 3-methyl piperazine-1,3-dicarboxylate hydrochloride เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการสังเคราะห์สารกลางทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลคีรอล (chiral molecules) โครงสร้างของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โดยมักมุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาท จุดศูนย์กลางคีรอลช่วยให้สามารถผลิตสารที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure) ซึ่งมีความสำคัญในออกแบบยาเพื่อให้มีความจำเพาะและลดผลข้างเคียง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบของตัวรับ (receptor interactions) และกลไกของเอนไซม์ (enzyme mechanisms) ซึ่งช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสำหรับการทดลองและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมต่างๆ