(S)-1-Cyclopentylethanamine hydrochloride ถูกนำมาใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะ chiral building block ในการสังเคราะห์ active pharmaceutical ingredients (APIs) ต่างๆ โครงสร้าง stereochemistry ของมันทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบ enantiomerically pure ซึ่งมีความสำคัญในกระบวนการพัฒนายาเพื่อรับประกันประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง สารประกอบนี้มักถูกใช้ในการผลิตยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) รวมถึงยาต้านซึมเศร้าและยารักษาอาการทางจิตเภท โดย stereochemistry เฉพาะเจาะจงสามารถมีอิทธิพลอย่างมีนัยสำคัญต่อการโต้ตอบของยากับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์ ligands และ catalysts ที่ใช้ใน asymmetric synthesis ซึ่งช่วยให้สามารถผลิตโมเลกุลซับซ้อนที่มี enantioselectivity สูง การประยุกต์ใช้ของมันยังขยายไปสู่การวิจัยและพัฒนาในสาขาเคมีเภสัชกรรม (medicinal chemistry) ซึ่งช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ