(R)-3-Aminohex-5-enoic acid hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและโรคเมแทบอลิซึม โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและโซ่คาร์บอนไม่อิ่มตัว ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติ stereochemical เฉพาะ สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์ยาคิรัล โดยความบริสุทธิ์ของเอนานติโอเมอร์มีความสำคัญต่อผลทางเภสัชวิทยาที่ต้องการ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาการปรับเปลี่ยนเปปไทด์เพื่อสำรวจผลกระทบของการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างต่อกิจกรรมทางชีวภาพ นักวิจัยยังใช้คุณสมบัติของมันในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ สนับสนุนความก้าวหน้าในการค้นพบยาและการพัฒนาการบำบัด