(R)-3-Isopropylmorpholine ถูกใช้หลักในฐานะบล็อกก่อสร้างคีรอลในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ สเตอรีโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนายาเพื่อรับประกันประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง มันมักถูกนำมาใช้ในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับการรักษาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โรคหัวใจและหลอดเลือด และสาขาการบำบัดอื่นๆ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นลิแกนด์หรือตัวเร่งปฏิกิริยาในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมトリก ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกกิริยาของปฏิกิริยาเคมี การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยเกษตรเคมี โดยช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชแบบคีรอลที่มีกิจกรรมดีขึ้นและความปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม