(R)-3-Isobutylmorpholine ถูกนำไปใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นบล็อกก่อสร้างแบบ chiral สำหรับการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ สเตอรีโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาสารประกอบที่บริสุทธิ์แบบเอ็นแอนติโอเมอร์ ซึ่งมีความสำคัญสำหรับยาที่ต้องการความจำเพาะสูงและผลข้างเคียงที่ลดลง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในการผลิตสารเคมีเกษตรและเคมีภัณฑ์ละเอียด โครงสร้างวงแหวนมอร์โฟลีนของมันยังเหมาะสำหรับการออกแบบลิแกนด์และตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของปฏิกิริยาเคมี