(R)-3-Ethylmorpholine hydrochloride ใช้หลัก ๆ เป็นบล็อกสร้างทางชิรอล (chiral building block) ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure compounds) มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญ (key intermediate) ในการผลิตยาที่ต้องการสเตอรีโอเคมีเฉพาะ (specific stereochemistry) เพื่อกิจกรรมทางชีวภาพที่เหมาะสม สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก (asymmetric synthesis) ซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยา (catalyst) หรือลิกานด์ (ligand) เพื่อเหนี่ยวนำคีราลิตี (chirality) ในโมเลกุลเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตร (agrochemicals) และเคมีภัณฑ์ละเอียด (fine chemicals) ซึ่งคุณสมบัติสเตอรีโอเคมีช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกกรองของผลิตภัณฑ์สุดท้าย การนำมาใช้ในงานวิจัยและพัฒนา (research and development) ยังช่วยในการสำรวจตัวแทนบำบัดใหม่และกระบวนการเคมี