(R)-2-Isopropylmorpholine ใช้หลัก ๆ เป็นบล็อกก่อสร้างคีรอล (chiral building block) ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่บริสุทธิ์แบบเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure drugs) โครงสร้างสเตอรีโอเคมีของมันทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง ซึ่งมักช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของยาและลดผลข้างเคียง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาหรือลิแกนด์ในปฏิกิริยาแบบไม่สมมาตร (asymmetric reactions) เพื่อช่วยในการผลิตโมเลกุลซับซ้อนที่มีเอนานติโอเซเลกทิวิตีสูง (high enantioselectivity) นอกจากนั้น ยังมีการประยุกต์ใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรและเคมีภัณฑ์ละเอียด (fine chemicals) ซึ่งคุณสมบัติทางโครงสร้างของมันช่วยสนับสนุนการทำงานที่ต้องการของผลิตภัณฑ์ปลายทาง